Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Surabaya pada awalnya adalah terdiri atas beberapa lembaga pendidikan tinggi yang sudah ada. Lembaga-lembaga tersebut adalah Fakultas Ilmu Agama Jurusan Da’wah (FIAD) yang berdiri sejak 15 September 1964, Fakultas Tarbiyah Surabaya berdiri tahun 1975, dan Fakultas Syari’ah Surabaya berdiri tahun 1982. Pada tahun 1985, berdasar Surat Keputusan Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Jawa Timur Nomor: Kep/003-V/1985, Fakultas Da’wah (FIAD), Fakultas Tarbiyah, dan Fakultas Syari’ah berinduk ke Fakultas Agama Islam UMSurabaya, dan ketiganya tergabung dalam Fakultas Agama Islam (FAI). Kemudian pada tahun 1997 berdasarkan surat keputusan direktur jenderal pembinaan kelembagaan agama Islam nomor; EP.49/1997 tentang perubahan nama dan penetapan kembali status program studi strata satu, maka Fakultas Tarbiyah jurusan Pendidikan Agama Islam, Fakultas Syari’ah jurusan Ahwal al-Syakhsiyyah dan Fakultas Ushuluddin jurusan Perbandingan Agama menjadi Fakultas Agama Islam jurusan Pendidikan Agama Islam (PAI), jurusan Ahwal al-Syakhsiyyah (AS) dan jurusan Perbandingan Agama (PA).
Berdasarkan surat keputusan Menteri Agama Republik Indonesia, mengenai nomenklatur perguruan tinggi agama Islam, maka Fakultas Agama yang semula memiliki jurusan FIAD, Tarbiyah dan Syari’ah berubah menjadi program studi-program studi (Prodi) yang ada di lingkungan UM Surabaya, Jurusan FIAD menjadi Prodi perbandingan Agama (PA), Jurusan Tarbiyah menjadi Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI) dan jurusan Syari’ah menjadi Prodi Ahwal al-Syakhsiyyah (AS). Melihat pentingnya sumber daya manusia dalam bidang ilmu perbankan Islam dan minat masyarakat untuk mengetahui serta memahami hal hal yang berkaitan dengan perbankan dalam Islam serta kebutuhan masyarakat Indonesia (stake holder) mengenai Sumber Daya Manusia dalam bidang ini, maka pada tahun 2014 Fakultas Agama Islam membuka program Studi Perbankan Syariah yang telah mendapat ijin penyelenggaraan dari Dirjen Pendidikan Islam Kementerian Agama Republik Indonesiatanggal 1 juli 2014 Nomor; 3656 tahun 2014.