Perjalanan Fakultas Agama Islam (FAI) Universitas Muhammadiyah Surabaya berawal dari keberadaan beberapa lembaga pendidikan tinggi Islam yang telah berdiri sebelumnya. Tonggak pertama dimulai pada 15 September 1964, ketika berdiri Fakultas Ilmu Agama Jurusan Dakwah (FIAD). Satu dekade kemudian, tepatnya pada 1975, lahir Fakultas Tarbiyah Surabaya yang berfokus pada pendidikan agama. Menyusul kemudian pada 1982, berdiri Fakultas Syari’ah Surabaya yang mengkaji hukum Islam secara mendalam.
Memasuki tahun 1985, melalui Surat Keputusan Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Jawa Timur Nomor Kep/003-V/1985, ketiga fakultas tersebut—FIAD, Fakultas Tarbiyah, dan Fakultas Syari’ah—diintegrasikan menjadi satu kesatuan di bawah naungan Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Surabaya. Integrasi ini menjadi fondasi penting bagi pengembangan pendidikan tinggi Islam di Surabaya.
Perubahan besar berikutnya terjadi pada 1997, ketika keluar Surat Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Nomor EP.49/1997. Keputusan ini mengatur perubahan nama dan penetapan kembali status program studi strata satu. Dari kebijakan tersebut, Fakultas Tarbiyah jurusan Pendidikan Agama Islam, Fakultas Syari’ah jurusan Ahwal al-Syakhsiyyah, dan Fakultas Ushuluddin jurusan Perbandingan Agama disatukan ke dalam Fakultas Agama Islam dengan tiga jurusan: Pendidikan Agama Islam (PAI), Ahwal al-Syakhsiyyah (AS), dan Perbandingan Agama (PA).
Seiring penyesuaian dengan nomenklatur perguruan tinggi agama Islam yang ditetapkan oleh Menteri Agama Republik Indonesia, struktur FAI pun berubah. Jurusan FIAD resmi menjadi Program Studi Perbandingan Agama (PA), jurusan Tarbiyah menjadi Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI), dan jurusan Syari’ah menjadi Program Studi Ahwal al-Syakhsiyyah (AS). Memasuki abad ke-21, FAI tidak hanya mempertahankan tradisi keilmuan klasik, tetapi juga merespons kebutuhan zaman. Menyadari pentingnya sumber daya manusia di bidang perbankan syariah serta tingginya minat masyarakat terhadap sistem keuangan Islam, pada 1 Juli 2014 FAI resmi membuka Program Studi Perbankan Syariah. Izin penyelenggaraannya diberikan oleh Direktorat Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama Republik Indonesia melalui SK Nomor 3656 Tahun 2014.
Kini, Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Surabaya terus berkembang, menggabungkan tradisi intelektual Islam dengan inovasi pendidikan modern, serta berkomitmen mencetak lulusan yang kompeten, berakhlak, dan siap menjawab tantangan zaman.